О недостатках в конструкции АТО-41 докладывали и из учебных частей, которые только готовились еще для отправки на фронт:

«А. Тросовое управление (зажигание, подача магазина, утапливание шептала) ненадежное, сложное в регулировке и вызывает частые отказы в работе.

Б. При огнеметании были случаи произвольной автоматической перезарядки с выбросом горящих патронов во внутрь танка и с поджиганием находящихся в приемнике (магазине) патронов, что приводит к поражению экипажа и пожару в танке.

В. Происходят отказы в работе выхлопного клапана.

Г. Имеются случаи поломки извлекателей затвора, течи огнесмеси через задвижку, разрегулировки рычагов автоматики и отказов в работе зажигалки.

Д. Монтаж огнеметов в танках производится плохо, в результате чего происходит подтекание огнесмеси в соединении передней крышки с цилиндром АТО-41, пропуск воздуха в воздушных вентилях воздухопроводов, засорение бензофорсунок. течь в шаровом соединении ВКУ».

Подобные недостатки отмечались и в частях. Например, к 5 июня 1942 года во время учебных занятий по огнеметанию в 500-м отдельном огнеметном танковом батальоне выявились следующие дефекты АТО-41. смонтированной на четырех танках Т-34 завода № 112: не обеспечено безотказное зажигание струи, течь бензина через форсунки, негерметичность жидкостного трубопровода, пропуск огнесмеси через задвижку. Кроме того, на всех машинах насадка с бронировкой смещались с установленного угла от сотрясений на ходу и от нажатия на спусковой рычаг, из-за чего прицельное огнеметание сильно затруднялось. На одном танке после девяти выстрелов произошла самопроизвольная автоматическая перезарядка с выбросом горящих патронов внутрь машины.

Танк Т-34 с установкой фугасных огнеметов ФОГна борту на марше. Западный фронт, весна 1942года (РГАКФД).

Недостатки конструкции АТО-41 вызывали много нареканий, и 28 июля 1942 года постановлением ГКО № 542 сс заводу № 222 приказывалось улучшить конструкцию огнемета. По донесению дирекции в Наркомтанкопром от 15 августа, "заводом проделана большая работа по улучшению конструкции АТО-41» и в конструкцию огнемета внесены изменения, улучшающие его качества.

В октябре 1942 года дирекция завода № 222 докладывала ГАБТУ КА, что: «за период июль - августа 1942 года эти дефекты в основном устранены, что подтверждается и военпредами ГАБТУ КА».